Il Portogallo cerca di esplorare la mappa per gettare le basi di un impero commerciale marittimo, sfruttando i suoi vantaggi relativi alle risorse costiere e all'esplorazione navale.

La vittoria del Portogallo dipenderà dalla sua riuscita nella costruzione di una vasta rete commerciale e nello sfruttamento delle caselle costiere. Considera sempre che, per il Portogallo, le Rotte commerciali navali devono obbligatoriamente passare sull'acqua: questo significa che João dovrà costruire le sue città sulla costa per massimizzare il proprio potenziale. Inoltre le città costiere possono sfruttare appieno la Scuola di navigazione, che fornisce Produzione extra per la costruzione di unità navali, Scienza dalle caselle di lago e costa e punti Grande Ammiraglio aggiuntivi. Il Portogallo deve esplorare la mappa il più in fretta possibile per trovare luoghi adatti alla costruzione delle sue infrastrutture esclusive, le Feitorias, che possono essere costruite solo dall'unità esclusiva portoghese, la Caracca. Il Portogallo può mettere a buon uso le sue rendite commerciali per puntare a qualsiasi tipo di vittoria... ma gli conviene restare lontano dalle guerre; quei porti devono restare aperti per fare affari!

João III, chiamato "il Colonizzatore" o, con un epiteto più gentile, "il Pio", è stato re di Portogallo e Algarve dal 1521 al 1557. Era il figlio primogenito di re Manuel I e di Maria d'Aragona. Sin dalla nascita la famiglia lo indirizzò verso una vita di eccellenza, chiamando i migliori studiosi per insegnargli astronomia, astrologia, teologia, legge e scienze umane. Inoltre all'età di dodici anni ricevette una casa propria da gestire in autonomia. Dopo qualche anno di pratica, ben presto cominciò ad aiutare il padre nello svolgimento degli affari reali.

João avrebbe dovuto sposarsi a sedici anni con la prima cugina Eleonora d'Austria, ma il padre Manuel fece saltare tutto dopo aver deciso che voleva Eleonora per sé. João restò comprensibilmente offeso e scosso dall'intera faccenda. Tuttavia, dopo essere salito al trono nel 1521, João contrasse un matrimonio strategico con Caterina d'Austria, che altri non era se non... la sorella minore della sua ex fidanzata, Eleonora.

Essendo rimasto bruciato dalle questioni di cuore, si gettò nella religione. In modo significativo, João appoggiò un approccio umanistico alla religione, come quello propugnato dalla Società di Gesù, più noti come gesuiti. Ma sotto il governo di João anche l'Inquisizione arrivò finalmente in Portogallo, con risultati prevedibili nella soppressione del libero pensiero (ma anche nell'assicurare che il movimento protestante non riuscisse ad attecchire nel paese). Lo scopo dell'Inquisizione era punire le persone che la chiesa considerava problematiche o blasfeme, includendo tutto ciò che odorava di stregoneria, la bigamia (ricordiamo la complicata storia sentimentale di Enrico VIII, contemporaneo di João in Inghilterra, che lo portò a scontrarsi duramente con la chiesa), ogni opera letteraria considerata sgradita e ogni tipo di devianza sessuale. Col permesso del papa, João nominò Grande Inquisitore suo fratello, il cardinale Henrique, stabilendo delle sedi in tutti i territori portoghesi. La presenza dell'Inquisizione arrivò a influenzare molti aspetti della vita e della cultura portoghesi. In virtù di questo João si guadagnò il soprannome de "il Pio".

Anziché conquistare nuove terre in battaglia, João spesso preferì usare la diplomazia e combinare vantaggiosi matrimoni. Sua sorella Isabella sposò Carlo V, re di Spagna e Sacro Romano Imperatore, mentre la figlia Maria Manuela andò in sposa a re Filippo II di Spagna. Suo figlio, il principe João Manuel, sposò Giovanna di Spagna: il figlio della coppia sarebbe diventato re Sebastiano I. A questo punto dovrebbe essere chiara la strategia del Portogallo nel cercare di assicurarsi allo stesso tempo l'indipendenza e la presenza di un potente alleato nella penisola iberica.

João riteneva che il vasto impero portoghese fosse inefficiente e oberato dai debiti e dalla corruzione. All'inizio cercò di risolvere i molti problemi nominando nuovi governatori, pensando che uomini migliori avrebbero dato risultati migliori, ma era il sistema stesso a essere malato. Inoltre, talvolta i governatori "licenziati" non volevano saperne di andarsene.

L'impatto più significativo del regno di João fu l'espansione delle reti commerciali. Furono create delle basi commerciali fortificate, note come feitorias, a Mombasa, in Mozambico e in altre parti dell'Africa. Il Portogallo acquisì le isole Timor e Maluku nel sud-est asiatico, Goa e Sri Lanka in Asia meridionale e stabilì avamposti a Nagasaki e Macao in Asia orientale. Inoltre, sotto João, il Brasile portoghese sarebbe diventato una colonia di grande importanza. Queste reti trasportavano spezie, zucchero, oro, profumi e seta in tutto il mondo. Meno nobilmente, João organizzò anche il traffico degli esseri umani, tanto che il re del Congo, Mvemba a Nzinga, arrivò a scrivergli una lettera di fuoco in cui denunciava l'attività degli schiavisti portoghesi.

Verso la fine del suo regno, João ebbe difficoltà a trovare un erede. Dei nove figli avuti da Caterina, solo due erano sopravvissuti oltre l'infanzia, ed entrambi erano morti prima del padre. Alla sua morte, avvenuta nel 1557, il trono andò al nipote Sebastiano.