Pachacútec sacó a los incas del relativo anonimato de la ciudad-estado de Cuzco y los convirtió en una de las civilizaciones más organizadas, poderosas y diligentes de América. Bajo su reinado, los incas se embarcaron en un proceso de conquista y consolidación diplomática que llevó al imperio a su punto más alto. La mayoría de las crónicas incas eran orales y, con la desintegración de su imperio en el siglo XVI, se perdieron gran parte de su historia y su cultura. En consecuencia, no se sabe mucho de la vida de Pachacútec.
Por tradición es el noveno gobernante de Cuzco. Cusi Yupanqi, pues así lo bautizaron al nacer, era uno de los hijos más jóvenes de Inca Viracocha, y no estaba en la línea de sucesión al trono. En un momento dado, la tribu vecina de los chanca invadió Cuzco e hizo que Huiracocha y su heredero huyesen, dejando a Cusi Yupanqi para que organizara la defensa de la ciudad. La leyenda cuenta que "hasta las piedras se alzaron para defender Cuzco", y de ahí surgió el nuevo nombre de Pachacútec, que en quechua significa "el que hace temblar la tierra".
Esta victoria tuvo como consecuencia que mejorara su reputación entre la población y le aseguró el liderazgo tras la muerte de Huiracocha. Pachacútec se embarcó inmediatamente en una campaña de expansión y conquista. A los súbditos potenciales se les ofrecía la oportunidad de incorporarse al imperio y disfrutar de los beneficios de su organización social y sus riquezas materiales. Si aceptaban, sus gobernantes eran trasladados a Cuzco, donde aprendían sobre el sistema de gobierno inca, o donde se casaban con miembros de la familia de Pachacútec. Por el contrario, si rechazaban la propuesta, se les sometía mediante la fuerza militar.
Durante el reinado de Pachacútec, Cuzco se expandió como una capital real digna de un emperador. La religión inca, centrada en el dios del Sol Inti, floreció, y la función del sacerdocio se integró aún más en el imperio. El propio Pachacútec compuso varios himnos al panteón inca, que más tarde fueron registrados por los escritores españoles durante el periodo colonial. También es posible que decretase la festividad del Inti Raymi para celebrar el comienzo del año nuevo en los Andes. Pachacútec fue un constructor prolífico, y dirigió la edificación del enorme complejo real de Machu Picchu, así como las obras de canales de regadío, terrazas de cultivo, redes de carreteras y posadas para los viajeros.
A su muerte en 1471, el poder se transfirió de forma pacífica a su hijo, Tupac Inca Yupanqi, quien había servido durante el reinado de su progenitor como corregente y comandante. Los sapa inca posteriores no consiguieron sucesiones pacíficas, por lo que la reputación de Pachacútec aumentó más aún.
Durante su reinado, estableció la estructura básica del gobierno inca: una autoridad central fuerte y competente, una población muy organizada y el uso del sistema de trabajo de la mita para la construcción de obras públicas. Pero también estuvo dispuesto a trasladar a mucha gente de clase baja para conseguir su visión del imperio, y los incas no dudaban en hacer la guerra para ampliar sus territorios. A pesar de ello, siempre había vivido de forma extraordinaria sin expectativas de reinar y, cuando falleció, los incas iban camino de convertirse en una de las civilizaciones más grandes del Nuevo Mundo.