Geboren als ältester Sohn von Tokiyori, fünftem Shikken (Regent) des Kamakura-Shogunats und de facto Herrscher über Japan, wurde Tokimune von Geburt an als Tokuso (Oberhaupt) der Hauptlinie der Hojo angesehen und rigoros daraufhin erzogen, Nachfolger seines Vaters zu werden. Im Alter von 18 Jahren wurde er 1268 n. Chr. selbst Shikken. Bis zu seinem Tod im Alter von 34 Jahren sollte Tokimune Japan bis in seine Grundfeste verändern.
Direkt nach seiner Ernennung zum Shikken sah sich Tokimune einer nationalen Krise gegenüber. Kublai Khan, der mongolische Kaiser von China, schickte einen Sonderbotschafter mit der Forderung an Japan, eine "tributpflichtige Beziehung" mit den Mongolen einzugehen oder sich auf eine Invasion und Eroberung vorzubereiten. Während viele Mitglieder der japanischen Regierung, einschließlich Angehörige der kaiserlichen Familie, darauf drängten, einen Kompromiss auszuhandeln, wies der junge Regent die mongolische Forderung zurück und schickte die Abgesandten zurück nach China; in welchem Zustand ist nicht überliefert.
Vier weitere Male wurden die Forderungen im Laufe der folgenden vier Jahre durch mongolische Abgesandte wiederholt, und die Reaktion Tokimunes war jedes Mal ähnlich. Die mongolische Ungeduld voraussehend entsandte er eine japanische Streitmacht auf die südliche Insel Kyushu, um für die drohende Invasion gewappnet zu sein. Die erfolgte schließlich im Jahr 1274, als etwa 25.000 mongolische und koreanische Soldaten die kleinen entlegenen Inseln einnahmen. Ein Taifun, von den Japanern "göttlicher Wind" genannt, zwang die mongolische Flotte zur Heimkehr und die Bedrohung war gebannt - vorerst.
Ungeachtet der Invasion war Kublai ein vernunftbegabter Mann und entsandte 1275 erneut fünf weitere Sonderbotschafter, um einen Tribut auszuhandeln. Sie weigerten sich, ohne eine Antwort wieder abzureisen, also ließ Tokimune sie nach Kamakura bringen und enthaupten. Ein ähnliches Schicksal ereilte 1279 fünf weitere Botschafter. Die Zeichen wurden am kaiserlichen Hof richtig erkannt, und so wurde angeordnet, dass in allen Tempeln und Schreinen für den Sieg über die Mongolen gebetet werden soll. Tokimune machte sich daran, das Ufer an Stellen der Küste zu befestigen, wo die Invasion wahrscheinlich stattfinden würde.
Im Sommer 1281 erschien eine weitaus größere Streitkraft als zuvor - es sollen um die 140.000 Tausend Mongolen und Verbündete in etwa 4.000 Schiffen gewesen sein - vor der Küste und griff die gesamte japanische Armee und Marine unter Tokimune an. Nach Niederlagen bei Landungsversuchen auf den Inseln Tsushima und Shikanoshima konnten die Mongolen schließlich Landgewinn auf Iki verzeichnen, zogen sich jedoch später auf die Insel Hirato zurück. Drei Tage später wurde die Flotte der Invasoren von den Japanern angegriffen, die damit für schwere Verluste und Fassungslosigkeit sorgten, sodass die mongolischen Befehlshaber zurück nach China segelten und etwa 100.000 führungslose Soldaten zurückließen. Im August setzte ein verheerender Taifun (Kamikaze) den mongolischen Schiffen zwei Tage lang zu und versenkte die meisten von ihnen, einschließlich des Flaggschiffs mit dem koreanischen Admiral an Bord. Kurz darauf löschten Tokimunes Samurai die 100.000 aus.
Japan war gerettet und wurde bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs nicht mehr von einer Invasion bedroht. Tokimune konnte seine Aufmerksamkeit anderen Angelegenheiten widmen: Er studierte die Zen-Meditation und ließ buddhistische Schreine und Klöster errichten, wie etwa den Tempel Engaku-ji zur Erinnerung an jene Samurai, die für den Sieg über die Mongolen ihr Leben gelassen hatten. In seiner Jugend und als junger Mann war er Verfechter der buddhistischen Lehre Risshu, konvertierte jedoch irgendwann vor der Invasion zum Zen-Buddhismus. Tokimune war derart fest in seinem Glauben verwurzelt, dass er am Tag seines Todes die Erleuchtung gefunden haben soll - besser spät als nie.
Teilweise dank des Sieges über die Mongolen unter Tokimunes Führung verbreitete sich der Zen-Buddhismus schnell auch in der Klasse der Samurai. Einige glaubten zutiefst an die Lehren, andere wollten sich jedoch vermutlich nur bei dem Shikken beliebt machen. Der vorher als trivial angesehene Glaube verbreitete sich zuerst in Kamakura, Machtsitz der Hojo, und von dort aus bis in die kaiserliche Hauptstadt Kyoto. Tokimune verknüpfte die Zen-Lehren zudem mit dem Verhaltenskodex Bushido, der vor allem Genügsamkeit, Kampfkünste, Treue und Ehre bis in den Tod hervorhob. Unter Tokimune wurden im Bushido, der sich aus dem Neokonfuzianismus entwickelt hatte, auch Elemente des Shintoismus und der Zen-Lehren vereint, um dem ansonsten recht gewalthaltigen Kodex Weisheit und Klarheit hinzuzufügen. Unter dem Tokugawa-Shogunat wurden einige dieser Lehren aus dem Bushido schließlich zu japanischem Recht erklärt.
Tokimune widmete jedoch nicht nur Schreine den Samurai, die im Kampf gegen die mongolische Horde gefallen waren, er startete auch verschiedene Initiativen, um pragmatischere Hilfe zu leisten. Er starb, bevor die meisten davon umgesetzt waren, sodass sein Sohn Hojo Sadatoki diese vollendete. Kyunin (Offiziere) und Myoshu (Landbesitzer), die noch nicht entlohnt worden waren, erhielten Landzusprüche (Shoen), und Land, das sie zur Stärkung der Truppen verkauft oder verpfändet hatten, wurde ihnen ohne Strafzahlungen zurückerstattet. Eine Sonderkommission, genannt "tokusei no ontsukai" (Vertreter der rechtschaffenen Herrschaft) kümmerte sich um die Details. Ein weiterer Erlass stellte sicher, dass Schreinländereien, die verpfändet worden waren, als Ausdruck der Dankbarkeit für die Gebete während der Invasion kostenlos an die Zen-Klöster zurückgegeben wurden.
Doch inmitten all dieser Großzügigkeit verstarb Hojo Tokimune plötzlich nach einer Krankheit an unbekannten Ursachen im Jahr 1284 n. Chr. Tokimune hatte Japan einen heldenhaften Dienst erwiesen und wurde dafür verehrt. Doch die gewaltigen Aufwendungen für den Kampf gegen die Invasion und die Verbreitung der Zen-Lehre schwächten das Kamakura-Shogunat und das Haus Hojo - für die Erbauung der Schreine hatte er große Teile des Familienunternehmens ausgegeben - so weit, dass das Haus schließlich niederging, bis es fünfzig Jahre später von der Kemmu-Restauration und kurz darauf vom Ashikaga-Shogunat abgelöst wurde.