Der durch Maskat fließende Handel war für mindestens zwei Jahrtausende sein Herzblut. Eingebettet in die Ausläufer des Hadschar-Gebirges wurde der Ort bereits im 1. Jahrhundert von Ptolemäus der Verborgene Hafen ("Cryptus Portus") genannt. Leider war die Stadt nicht ausreichend verborgen - durch ihre hervorragende Position an der Mündung zum Persischen Golf wurde sie zu einem verlockenden Ziel für Eroberer.
Über die Jahrhunderte hat Maskats Hafen viele Flaggen gehisst: sassanidisch, arabisch (unter der sie im 7. Jahrhundert zum Islam konvertierte), abbasidisch, seldschukisch und persisch, um nur ein paar zu nennen. Im frühen 16. Jahrhundert wollte ein portugiesischer Admiral Handelsbeziehungen herstellen - mit Kanonen. Dabei brannte er einen Großteil Maskats bis auf die Grundmauern nieder. Die Stadt wurde wieder aufgebaut und blieb bis 1650 unter portugiesischer Herrschaft, als die Omani sie vertrieben und die Hafenstadt wieder für sich beanspruchten.
Maskat blickt auf eine lange Geschichte von Konflikten mit den inneren Stämmen des Oman zurück, bei denen es meist um Selbstregierung ging. Im 18. Jahrhundert erhob sich inmitten einer solchen Zeit des Chaos die Bū-Sa'īd-Dynastie, die auch heute noch dort regiert. Heutzutage dient ein umfassend modernisiertes Maskat als Omans Hauptstadt und ist weiterhin ein wichtiger Handelshafen.