Portugal will die Landkarte erkunden, um die Basis für ein seebasiertes Handelsreich zu schaffen, und profitiert dabei von den Ressourcen der Küstenregionen sowie nautischer Erkundung.

Ein erfolgreicher portugiesischer Sieg hängt von der Erstellung weitreichender Handelsnetzwerke und dem Erkunden von Küsten-Geländefeldern ab. Bedenkt, dass internationale Handelswege für Portugal auf Wasserwege beschränkt sind. Daher wird Johann seine Städte vorzugsweise an der Küste errichten, um die Anzahl potenzieller Handelszentren zu maximieren. Zudem können Küstenstädte von der Navigationsschule profitieren, die ihnen zusätzliche Produktion für Marineeinheiten, zusätzliche Wissenschaft für Küsten- und See-Geländefelder sowie zusätzliche Großer-Admiral-Punkte gewährt. Portugal widmet sich bereits sehr früh der Erkundung der Karte, um zukünftige Standorte für seine einzigartige Infrastruktur zu sichern: die Feitoria, erbaut von Portugals Spezialeinheit, der Nao. Portugal kann seine Handelsposten nutzen, um jeden beliebigen Sieg anzustreben. Versucht jedoch, Kriege zu vermeiden, denn diese Häfen müssen offenbleiben, um Handel zu betreiben!

Johann III., auch "der Kolonialherr" oder vielleicht eher netter, der "der Fromme" genannt, war von 1521 bis 1557 König von Portugal und der Algarve. Er war der älteste Sohn von König Emanuel I. und Maria von Aragón. Von Geburt an war es das Ziel seiner Familie, ihn zu einem zukünftigen Herrscher zu erziehen – er wurde in den Gebieten der Astronomie, Astrologie, Theologie, Rechtswissenschaft und den Geisteswissenschaften unterrichtet. Im Alter von nur 12 Jahren musste er sein erstes eigenes Haus verwalten. Nach ein paar Jahren praktischer Erfahrung begann er, seinen Vater bei seinen königlichen Pflichten zu unterstützen.

Johann sollte mit 16 Jahren heiraten, und zwar seine Cousine ersten Grades, Eleonore von Kastilien, doch sein Vater Emanuel beanspruchte Eleonore für sich selbst. Verständlicherweise war Johann davon gekränkt und mehr als ein wenig verärgert über die ganze Angelegenheit. Allerdings ging er nach seiner Krönung im Jahre 1521 eine strategische Ehe mit Katharina von Kastilien ein, der jüngeren Schwester seiner ehemaligen Verlobten Eleonore.

Von der Liebe enttäuscht wandte er sich der Religion zu. Vor allem förderte Johann humanistische, religiöse Ansätze wie die Gesellschaft Jesu – die Jesuiten. Unter Johanns Herrschaft hielt auch die Inquisition schließlich Einzug in Portugal. Die Folgen waren vorhersehbar – die Unterdrückung freier Studien (und nebenbei auch die Verhinderung einer Protestantenbewegung in Portugal). Die Inquisition sollte alles bestrafen, was von der Kirche als problematisch oder blasphemisch angesehen wurde, also Dinge wie Hexenkunst, Bigamie (man denke nur an Johanns Zeitgenossen in England, Heinrich VIII., und seine Probleme mit der Kirche wegen seines komplizierten Liebeslebens), Literatur gegen die Kirche und sexuelle Auffälligkeiten. Johann (autorisiert durch den Papst) ernannte seinen Bruder Kardinal Heinrich zu seinem Großinquisitor und richtete in allen portugiesischen Gebieten Zweigstellen ein. Der Einfluss der Inquisition griff auf andere Teile der portugiesischen Kultur sowie das tägliche Leben über. Diese Taten bescherten Johann den Namen "der Fromme".

Statt Eroberung durch Kriege bevorzugte Johann Diplomatie und arrangierte Ehen. Seine Schwester Isabella war mit Karl V. verheiratet, dem König von Spanien und Kaiser des Heiligen Römischen Reiches, und er verheiratete seine Tochter Maria Manuela mit König Philipp II. von Spanien. Sein Sohn Prinz Johann Manuel heiratete Johanna von Spanien und ihr Sohn wurde König Sebastian I. Der Hintergedanke hier – die Sicherung eines unabhängigen, jedoch eng verbündeten Platzes in Iberien für Portugal – sollte klar sein.

Johann fand das weitläufige portugiesische Reich ineffizient, voller Schulden und durchsetzt mit Korruption. Zunächst versuchte er, die Probleme zu lösen, indem er neue Gouverneure ernannte. Vielleicht würden bessere Männer bessere Ergebnisse liefern, doch das Problem lag im System. Außerdem weigerten sich die "gefeuerten" Gouverneure manchmal, ihren Posten zu räumen.

Der wahre Einfluss von Johanns Herrschaft lag in der Ausweitung seiner Handelsnetzwerke. Befestigte portugiesische Handelslager – Feitorias – wurden in Mombasa, Mosambik und anderen Teilen Afrikas eingerichtet, und Portugal erlangte Timor und die Molukken in Südostasien, Goa und Sri Lanka in Südasien sowie einen Handelsaußenposten in Nagasaki und Macao in Ostasien. Des Weiteren wurde das portugiesische Brasilien unter Johann zu einer bedeutenden Kolonie. Diese Netzwerke beförderten Gewürze, Zucker, Gold, Düfte und Seide über die ganze Welt. Johann handelte leider auch mit Sklaven, was den kongolesischen König Mvemba á Nzinga veranlasste, ihm einen bösen Brief über die Aktivitäten portugiesischer Sklavenhändler zu schreiben.

Gegen Ende von Johanns Herrschaft hatte er Schwierigkeiten damit, einen Nachfolger zu ernennen. Von seinen neun Kindern (von Katharina) überlebten nur zwei über das Kindesalter hinaus und starben vor ihrem Vater. Der Thron ging letztendlich 1557 nach seinem Tod an seinen Enkel Sebastian.