他の宗教の広がりを抑えたいのであれば、神学戦争をしかけるのが最も効果的です。神学戦争は使徒と審問官のみがおこなうことができ、対象は他宗教の宗教ユニットに限られます。他の文明と戦争状態でなくても、神学戦争をしかけることはできます。これによって本当の戦争が始まることはありませんが、宗教的圧力の低下によって外交にマイナスの影響が出ることはありえます。宗教ユニットは他の宗教ユニットに対して支配領域を行使し、その移動を制限できます。

宗教ユニット同士でおこなわれるものだという点を除けば、神学戦争と通常の軍事ユニットによる戦闘との間に大きな違いはありません。ただし、神学戦争において敵に与えるダメージを決定するのは宗教戦闘力です。これにはレベルアップ、社会政策、側面攻撃、他のユニットからの支援によるボーナスが付くほか、「神権政治を採用している」、「自宗教の聖地 (または聖地に隣接するタイル) にいる」、「自宗教を主流とする都市の領土内にいる」といった要因によっても上昇します。特に、自宗教の聖都の領土内にいる場合は、大きな宗教戦闘力ボーナスが得られます。

ダメージを受けた宗教ユニットは布教能力が低下し、改宗させられる信者の数が減少します。神学戦争によって宗教ユニットのヒットポイントが0になると、そのユニットは消滅します。こうして宗教ユニットが消滅すると、そこから10タイル以内にあるすべての都市で、負けた側の宗教の圧力が低下し、勝った側の宗教的圧力が上昇します。低下量と上昇量は、体力最大時の使徒の宗教戦闘力に等しい値です。宗教ユニットが軍事ユニットによって倒された場合も、6タイル以内にある都市では宗教的圧力が低下しますが、この場合、宗教的圧力の低下は半分になります。

宗教ユニットは、自分の領土にある聖地 (または聖地に隣接するタイル) にいると、その聖地の宗教に関係なく体力が回復します。宗教ユニットはその聖地が産出する信仰力の3倍までダメージを回復できます。一部の施設は、宗教ユニットの回復源としても機能します。

宗教ユニットは戦闘ユニットからの攻撃に対して脆弱です。「異教徒の糾弾」は、戦闘ユニットが同じタイルにいる宗教ユニットに対して実行可能なアクションで、交易路への略奪と同様の効果があります。