A partire dall'VIII secolo d.C. Samarcanda fu una delle sedi del metropolita nestoriano. Le radici della cristianità nella regione erano tali che si dice che Algigidai, uno dei successori di Genghis Khan, si fosse convertito e avesse autorizzato il cattolicesimo durante il suo regno.

Samarcanda, descritta dallo scrittore Ibn Battuta come "una delle città più grandi e raffinate, la più perfetta di tutte nella bellezza", si trovava nel cuore della Via della Seta. La sua è una storia lunga: Alessandro Magno l'aveva conquistata nel 329 a.C., dopodiché nel corso dei secoli la città era passata nelle mani di persiani, mongoli e turchi. Distrutta da Genghis Khan nel 1220 d.C., nel XIV secolo rinacque a nuova vita sotto il governo di Tamerlano, il guerriero discendente dal Khan che, nel corso di tutte le sue conquiste, non conobbe mai la sconfitta. Tamerlano fondò l'impero turco dei timuridi, di cui Samarcanda era la capitale. A loro volta i timuridi furono i precursori dell'impero Mughal, che dominò l'India prima dell'arrivo degli inglesi.

Al suo apice Samarcanda ospitava un crogiolo di popoli e idee diverse. La religione dei timuridi era l'Islam e le moschee della città erano famose in tutto il mondo, ma erano presenti anche zoroastrismo, cristianesimo, buddhismo, induismo e manicheismo. Nel XIX secolo Samarcanda fu conquistata dai russi. Sarebbe rimasta parte dell'impero russo (e successivamente sovietico) fino alla dissoluzione dell'URSS e all'indipendenza dell'Uzbekistan. Oltre a vantare una storia millenaria, oggi la città è un importante snodo dei trasporti e un centro per la produzione di seta.